Клещевой энцефалит (КЭ) — нейроинфекционное вирусное заболевание, в патогенезе которого иммунные механизмы играют существенную роль. Проведен сравнительный анализ синтеза ключевых цитокинов при инфекции ВКЭ и в присутствии инактивированной вакцины против КЭ in vitro. При инфекции перевиваемой культуры клеток рака гортани человека HEp-2 ВКЭ наблюдали активацию транскрипции IFNα, IFNγ, IFNλ1, IL-1β, IL-2, IL-4, IL-8, IL-10, IL-12, TNFα и одного из факторов апоптоза Fas. Сравнение транскрипции и продукции цитокинов показало, что в результате вирусной инфекции баланс Th1/Th2 смещался в сторону Th1 на посттранскрипционном уровне. В присутствии инактивированной вакцины против КЭ, основанной на том же штамме Софьин ВКЭ, также происходила активация транскрипции цитокинов IFNα, IFNλ1, IL-4, IL-10, как и в результате инфекции штаммом Софьин ВКЭ, а также продукция GM-CSF, что свидетельствует об индукции преимущественно Th2 пути. Впервые показано участие IFN III-типа (IFNλ1) при инфекции культур клеток ВКЭ и добавлении вакцины против КЭ. Получены доказательства различия в динамике синтеза цитокинов IL-2, IL-8, IL-10, IL-12, TNFα при инфекции ВКЭ, а также при действии инактивированной вакцины против КЭ.