Инфицирование бактерией Helicobacter pylori вызывает развитие в слизистой желудка воспалительного процесса, который в большинстве случаев протекает в форме хронического гастрита. К настоящему времени у двух штаммов H. pylori (J99 и 26695) определены полные последовательности генома. Геном H. pylori содержит 1600 генов. Ряд генов, продукты которых — белки CagA, VacA, IceA, BabA, считаются факторами патогенности. Гены H. pylori, ассоциированные с цитотоксином А или островка патогенности сag, кодируют белок длинной 1186 аминокислотных остатка и состоит из 30–40 генов. Этот белок признан одним из основных факторов патогенности H. pylori и считается ответственным за нарушение целостности эпителия слизистой желудка. Он обычно отсутствует у штаммов, которые выделены от людей, являющихся бессимптомными носителями H. pylori.