В ряде регионов России прослежены эволюционные преобразования в структуре популяции вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Изменения в популяции возбудителя мало изучены на эндемичных территориях Центрального федерального округа (ЦФО) РФ, в частности, в Ярославской области. На территории другого эндемичного по КЭ региона — Костромской области — структура популяции ВКЭ не исследовалась.