Изучение коллекции штаммов М.П. Чумакова позволило провести исследование популяций вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) в хронологическом и территориальном аспектах и стало продолжением развития нового направления — молекулярной эпидемиологии КЭ. Генотипирование штаммов и изолятов РНК ВКЭ проводили с использованием современных методов лабораторной диагностики: полимеразной цепной реакцией (ПЦР) в режиме реального времени с гибридизационнофлуоресцентной детекцией с генотипспецифическими зондами, рестрикционного анализа и секвенирования