В 90-х годах XX века были идентифицированы основные генетические маркеры вариабельности штаммов и полностью расшифрована нуклеотидная последовательность хромосомной ДНК M. tuberculosis, что способствовало разработке инновационных методов генотипирования возбудителя и развития молекулярной эпидемиологии (МЭ) туберкулеза (ТБ). МЭ исследования популяций возбудителя обеспечивают получение новых, не достижимых другими методами, знаний о динамике распространения туберкулеза в обществе.