Высокий уровень загрязнения атмосферного воздуха создает предпосылки для развития патологии органов-мишеней воздействия химических веществ. Крупные предприятия нефтеперерабатывающей и химической промышленности Иркутской области расположены в городах Ангарск и Саянск. Средний уровень загрязнения атмосферного воздуха в течение нескольких лет в данных городах оценивается как высокий и умеренный соответственно. Применение персонифицированного подхода может позволить более корректно оценить риск нарушений здоровья и ответную реакцию организма на внешнее воздействие. Цель работы состояла в оценке рисков формирования патологических процессов в организме подростков в условиях ингаляционного воздействия химических веществ с учетом индивидуальной нагрузки и изучении содержания специфических аутоантител. В исследование включены 373 подростка из города с высоким уровнем загрязнения атмосферного воздуха и 188 школьников из города с умеренным загрязнением. Проведена оценка индивидуальной химической нагрузки на организм подростков, обусловленной загрязнением воздушной среды, физиологическими особенностями и организацией учебного процесса и отдыха. Изучены уровни специфических аутоантител, отражающих состояние органов-мишеней воздействия поллютантов. Расчет индивидуальной химической нагрузки позволил определить индексы опасности нарушений здоровья для каждого индивида и выявить лиц с повышенным риском развития патологии органов и систем-мишеней воздействия поллютантов. Выявлено, что увеличение индекса опасности развития патологии дыхательной системы сопровождалось ростом относительного содержания аутоантител к мембранным антигенам легочной ткани. Показано повышение уровней аутоантител к белкам эндотелия сосудов с увеличением индекса опасности нарушений в сердечно-сосудистой системе у подростков, проживающих в условиях высокого загрязнения атмосферного воздуха.