Рассмотрена методология создания единых информационно-технологических комплексов регионов с учетом требований целевого функционирования национальной инновационной системы. На основе использования элементов CASE-технологий была построена упрощенная модель информационной системы как системы управления и приведены результаты эксперимента, позволившие оптимизировать структуру, функции и механизмы организации деятельности ФГУ «Объединение «Росинформресурс», направить ее на информационное обеспечение инновационного развития отраслей промышленности в регионах РФ.