Научно-исследовательское учреждение рассматривает некоторые (оговоренные), потенциальные научно-исследовательские проекты и осуществляет планирование в соответствии: а) с доступными исследователями соответствующих специальностей, б) потенциальным участием исследователей со стороны, в) целями, субъектами исследований и ожидаемых результатов проектов, г) продолжительностью проектов, д) данной или планируемой ценой проектов и динамикой денежных потоков, е) ожидаемым результатам каждого исследователя в соответствующих разделах отдельных проектов и ж) стоимостью работы исследователей. Качество и целостность исследований каждой части возникает от конкретного назначения исследователей проекта и их научно-профессиональных потенциалов. Существует многокритериальная оптимизация, которая одновременно управляет несколькими проектами (портфелем проектов), конкурирующими в рамках общих ресурсов исследователей. Эффективному планированию способствует совместное использование соответствующих количественных методов и моделей для планирования проектов и стандартное программное обеспечение для управления проектами в ходе их реализации. Новые проекты можно рассматривать, если не завершены некоторые из текущих проектов, тем самым создается непрерывный период планирования. В статье сделана классификация научно-исследовательских проектов в соответствии с характеристиками их этапов, дается общая математическая модель оптимизации настройки для групп исследователей по специальностям и отдельных исследователей на примере одного проекта и иллюстрируется планирование гипотетического проекта. Применяется программное обеспечение для линейного программирования в части планирования проекта (расположение исследователей) и программное обеспечение управления проектами в области контроля реализации проекта.