Статья посвящена вопросам обеспечения экологической безопасности инновационного развития. Рассматривается экологическая безопасность инновационной деятельности с точки зрения взаимодействия инновационной системы и окружающей среды на разных этапах жизненного цикла инновации. Предлагается рассматривать экологические риски инновационной деятельности в двух видах: для инновационной системы и для окружающей среды. Рассмотрено состояние инновационной системы и природно-техногенной системы и энтропия, которая возникает при взаимодействии инновационной системы и окружающей среды. Определено условие безопасного равновесного взаимодействия инновационной системы и окружающей среды. Разработка теоретических и методологических основ экологической безопасности инновационной деятельности необходима для проектирования конкурентоспособных инновационных идей в сфере производства высокотехнологичных изделий.