В статье рассмотрены необходимость и методы оценки экономической эффективности инновационных проектов в сфере биомедицины. Применение описанных методов позволит оценить экономический эффект от реализации проектов и будет способствовать коммерциализации интеллектуальной собственности, создаваемой в том числе в Красноярском крае. Стратегия развития медицинской науки в РФ до 2025 г. предусматривает кластерный принцип организации. В качестве модели создания кластера предлагается государственночастное партнерство в форме концессии. Отбор инновационных биомедицинских проектов следует осуществлять с использованием оценки их экономической эффективности. Отмечается, что применение метода реальных опционов является наиболее оптимальным способом количественной оценки гибкости управления проектами.