Разработана математическая модель и компьютерная программа, позволяющая автоматизировать проектирование водозаборных систем, обеспечивающих селективный водозаборный процесс из нижнего слоя стратифицированного водоема. В качестве математической модели процесса использована пространственная контактная начально-краевая задача теории поверхностных и внутренних гравитационных волн малой амплитуды. На основе полученного комплекса расчетных формул составлена компьютерная программа, позволяющая автоматизировать подбор величин отметки глубинной компоновки, габаритных размеров водозаборного окна и расход воды через него, которые гарантируют селективный водозабор из нижнего слоя стратифицированного водоема