В статье обосновывается необходимость формирования новых институтов развития малого предпринимательства, адекватных инновационной модели экономики. Проведен анализ динамики отраслевой структуры малого предпринимательства на федеральном и региональном уровнях. Аргументируется неэффективность существующих институтов развития малого предпринимательства. Предложена авторская модель системы государственной поддержки малого бизнеса в инновационной экономике