Оптимизация мониторинга природно-техногенных систем (ПТС) связывается с разработкой и внедрением новых методик конструирования моделей исследуемых систем, представляющих собой сложные объекты природно-техногенного происхождения. В данной статье рассматривается оригинальная методика организации и ведения мониторинга ПТС, разработанная автором на основе структурного моделирования сложных природно-техногенных взаимодействий, практически адаптированная при организации мониторинга ПТС «Животноводческий комплекс – геологическая среда». Предлагаемая методика опирается на целевое направление контроля, прогноза и управления состоянием ПТС