При оценке степени и характера техногенной метаморфизации подземных вод в условиях интенсивной техногенной нагрузки на геологическую среду существенным является выбор оценочных методов. При этом определяющее значение приобретают современные методы исследования химического состава водных объектов, инновационные технологии проведения геолого-разведочных работ в рамках мониторинга природно-техногенных взаимодействий. В данной статье характеризуются два направления исследований, придающих инновационный облик данному виду геолого-разведочных исследований: изотопный анализ подземных вод и исследование микробиологических процессов. Дополнение традиционных видов мониторинговых работ данными видами исследований повышает эффективность проведения анализа состояния геологической среды, находящейся под воздействием сложных техногенных процессов, и позволяет оптимизировать контроль и управление негативным изменением недр