Разработка и внеорение методик конструирования мооелей исслеоуемых прирооно-техногенных систем (ПТС), представляющих собой сложные природно-техногенные объекты, способствует оптимизации их мониторинга. В данной статье рассматривается методика организации и ведения мониторинга природно-техногенных систем, разработанная авторами на основе структурного моделирования сложнъы природно-техногенных взаимодействий, практически адаптированная при оптимизации мониторинга природно-техногенной системы «ООО "Этанол-Спирт" — природная среда». Предлагаемая методика опирается на целевое направление контроля, прогноза и управления состоянием природно-техногенных систем