Актуальность и цели. Биологические системы (популяции) живых организмов характеризуются массовым заселением отдельных территорий. При определенных экологических нарушениях в этом сообществе могут возникать соответствующие нарушения, которые можно использовать в качестве меры экологических нарушений при их количественном оценивании. Материалы и методы. При разработке процедур диагностирования биологических систем с бесконечным числом особей и их состояний учитывалась по известным публикациям особенность существования особей. Поэтому в работе предлагаются теория и алгоритмы, которые основаны на определенном вероятностном подходе. Этот подход использует треугольные матрицы с бесконечным числом вероятностей переходов, позволяющим учитывать бесконечное число особей и их состояний. Для получения элементов матрицы вероятностей переходов систем из одного состояния в другое использовались Q-матрицы и известные уравнения Колмогорова. Результаты. На основе использования полученной матрицы вероятностей переходов предложены алгоритмы и методика выборочного контроля состояний системы (популяции) организмов, в которой учитываются особенности использования биномиального и пуассоновского законов, влияющие на точность контроля. Выводы. Полученные результаты отличаются существенной утилитарностью в практических приложениях