В статье отражена авторская позиция к построению системы бюджетирования и определению ее роли и места в обеспечении экономической безопасности холдинговых образований с разнопрофильной отраслевой направленностью. Представлен подход к организации единого бюджетного процесса в рамках существующих взаимосвязей между головным и дочерними субъектами хозяйствования в разрезе теоретико-методологической, информационной, организационно-инструментальной и управленческо-аналитической компонент. Отмечена необходимость выделения в финансово-бюджетной структуре организаций в качестве соответствующих бизнес-монад так называемых центров экономической ответственности, а также дана оценка практике отражения в бухгалтерском учете инвестиций в инновационные проекты управления и бюджетирования в частности