В статье рассматриваются организационно-методологические основы формирования расходов на региональном уровне. Актуальным направлением повышения эффективности государственного управления является использование программных бюджетов. Предложена классификация бюджетных программ в рамках программного бюджета, представлены задачи и этапы разработки программных бюджетов. Определены критерии эффективности формирования программных расходов. По мере развития программно-целевого принципа организации деятельности региональных органов исполнительной власти будет возрастать необходимость расширения полномочий и ответственности региональных органов исполнительной власти, отвечающих за реализацию соответствующих программ и подпрограмм, уточнение структуры и полномочий органов исполнительной власти субъекта РФ