В России социально-экономическое развитие муниципальных образований неоднородно. Условия инновационного развития также неодинаковы по территориям. Рассмотрена необходимость создания механизма распространения инноваций из центра их концентрации на периферию в целях обеспечения равных условий муниципальных образований для построения эффективной региональной инновационной системы. Выявлены основные факторы, влияющие на пространственную поляризацию инновационного развития муниципальных образований. Представлены результаты исследования на примере Новосибирской области.