Целью настоящей работы является анализ физикохимических параметров воды для рек Вохча и Геха по данным 2005-2009 гг. методом анализа главных компонент (Principal Component Analysis). Для оценки ковариационной матрицы был применен метод анализа с недостающими данными (Missing Data Analysis). Проведен анализ отдельных значений главных компонент (ГК) и их весовых коэффициентов. Полученные результаты показывают, что расчетные оценки ГК имеют большой разброс и не существует четкой группируемости данных по времени. Анализ весовых коэффициентов показывает, что некоторые показатели образуют 4 группы. Выявлен характер и степень воздействия основных факторов, влияющих на качество воды рек.