В статье рассматривается влияние гидроэнергетики на социально-экономическую сферу и природную среду Байкальского региона при разных гидрологических условиях и организации управления водными ресурсами. Гидроэнергетическое использование оз. Байкал в качестве водохранилища началось после перекрытия р. Ангары плотиной гидроузла Иркутской ГЭС. С вводом каскада ГЭС на Ангаре Иркутское водохранилище стало головным, что определило важную роль Байкала в объединенной энергосистеме Сибири и Ангарском водохозяйственном комплексе. В зависимости от гидрологической обстановки в процессе эксплуатации каскада ангарских ГЭС в колебаниях уровня оз. Байкал выделено несколько этапов. В 1983–1995 гг. уровень Иркутского водохранилища неоднократно превышал проектный. В 2014 г. в связи с катастрофическим маловодьем в водосборной зоне оз. Байкал обострились негативные последствия в социально-экономической сфере и природной среде на восточном побережье озера. Отнесение Байкала к объектам мирового природного наследия привело к законодательному ограничению предельных уровней озера метровым диапазоном. Это ограничение существенно повлияло на режимы ГЭС с точки зрения обеспечения социально-экономической безопасности в нижнем бьефе Иркутского гидроузла в черте г. Иркутска и на побережье оз. Байкал в новых экономических условиях, сложившихся в России в результате рыночных трансформаций и после принятия нового Водного кодекса. В статье исследуется роль оз. Байкал в качестве основной части водохранилища Иркутской ГЭС в развитии Байкальского региона. Рассматриваются проблемы использования озера в условиях маловодья и многоводья. Показаны гидрологические угрозы безопасности населения и хозяйственной деятельности в нижнем бьефе Иркутской ГЭС и на восточном побережье Байкала в случае высокого притока воды в озеро. Предлагаются первоочередные меры по преодолению этих угроз и урегулированию взаимоотношений между регионами в водосборной зоне Байкала. К ним относятся организация страхования хозяйственных объектов и угодий в зонах периодического затопления и межрегиональное перераспределение гидроэнергетической ренты, получаемой собственниками ангарских ГЭС. Подчеркивается необходимость обеспечения эффективного управления функционированием и развитием природно-технической, экономической и социальной системы всего бассейна оз. Байкал и р. Ангары.