С 2013 года сотрудниками лаборатории генетической эпидемиологии Медико-генетического научного центра проводится комплексное медико-популяционно-генетическое изучение многонациональной Карачаево-Черкесии. Работа ведется в различных регионах России по разработанному в лаборатории протоколу уже более трех десятилетий. Протокол включает осмотр населения выездной бригадой врачей-специалистов, молекулярно-генетическую верификацию диагноза, получение популяционно-генетических данных из биологических (кровь) и небиологических источников информации (списки избирателей, брачные записи, демографические анкеты), статистическую обработку данных. Ногайцы – тюркоязычный народ, прямые потомки кыпчаков. Hогайцы компактно проживают в Ногайском районе Карачаево-Черкесии, составляют 76,7% населения района. По частотам распределения 1522 фамилий и 1115 брачных записей за 1990–2000 гг. подсчитаны стандартные популяционно-генетические характеристики для Ногайского района Карачаево-Черкесии (этническая брачная ассортативность Н, интенсивность метисации, индекс эндогамии, значения случайного инбридинга Райта, параметров Барраи и параметров изоляции расстоянием Малеко, составлены схемы фамильного и инбредного ландшафтов). Этническая брачная ассортативность Н=1,06 для ногайцев, являющихся титульной нацией района, для их соседей значительно выше: Н=30,3 (абазины), Н=25 (карачаевцы), Н=6,2 (русские), Н=46,2 (татары), Н=14,3 (черкесы). Отмечено значительное несовпадение наблюдаемого и ожидаемого числа как межэтнических, так и внутриэтнических браков. Интенсивность метисации составляет 21,9% для сельского ногайского населения и 79,3% для городского (г. Черкесск). Популяция не панмиксна в отношении этнического признака. Индекс эндогамии низок как в аулах (0,05–0,41), так и для района (0,56). Значения случайного инбридинга Fst в популяции ранга «район» составило 0,0024, локального инбридинга – 0,00039. Также подсчитаны значения по каждому из сельских поселений, состоящих из 1–2 аулов. Коэффициент линейной корреляции между двумя оценками инбридинга (случайный инбридинг и локальный инбридинг), полученными разными методами и из разных источников информации (частоты распределения фамилий и длины брачных миграций), положителен и значим (r=0,62±0,45). Матрица фамильных дистанций обнаруживает положительную и значимую корреляцию с матрицей корней квадратных из географических расстояний (r=0,62±0,28). Корреляция между матрицами, через которые построены схемы фамильного и инбредного ландшафтов района, составила 0,73±0,24. Степень изоляции расстоянием b ожидаемо отрицательно коррелирует с индексом миграций (r=-0,94±0,19) и с энтропией (r=-0,82±0,33). Значимые и ожидаемые по знаку значения коэффициентов корреляции между полученными характеристиками позволяют говорить о пригодности ногайских фамилий в качестве биологического маркера при популяционно-генетических исследованиях.