ПОДХОД К ПОДБОРУ ДНК-МИШЕНИ К ТЕСТ-СИСТЕМЕ ПЦР ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ПРОВИРУСА ЛЕЙКОЗА КРС
Рассмотрен принцип взаимодействия вирусов и клеток, исходя из которого определена стратегия подхода к подбору молекулярно-генетической тест-системы вируса лейкоза КРС. Рассмотрены подходы определения области ДНК-мишени, алгоритм подбора и дизайна праймеров. Проведен анализ более 50-ти наиболее дискордантных последовательностей нуклеиновых остатков области LTR BLV в плане выявления мотивов (наиболее консервативных последовательностей). Последующая обработка представлена с использованием алгоритма программы вектор NTI и выравниваем последовательностей с использованием алгоритма BLAST NCBI. Длина ДНК-мишени проектировалась в диапазоне 150-200 пар нуклеотидов. Разработанная тест-система работает, как в простом диапазоне ПЦР с анализом электрофоретической подвижности амплифицированного фрагмента провируса ВЛКРС, так и подобрана система для проведения ПЦР в режиме реального времени.
Авторы
Тэги
Тематические рубрики
Предметные рубрики
В этом же номере:
Резюме по документу**
УДК 619:616 =07.006
ПОДХОД К ПОДБОРУ ДНК-МИШЕНИ К ТЕСТ-СИСТЕМЕ ПЦР
ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ПРОВИРУСА ЛЕЙКОЗА КРС
Маркарян А.Ю. <...> Рассмотрен принцип взаимодействия вирусов и клеток, исходя из которого определена стратегия
подхода к подбору молекулярно-генетической тест-системы вируса лейкоза КРС. <...> Рассмотрены подходы
определения области ДНК-мишени, алгоритм подбора и дизайна праймеров. <...> Проведен анализ более
50-ти наиболее дискордантных последовательностей нуклеиновых остатков области LTR BLV в плане
выявления мотивов (наиболее консервативных последовательностей). <...> Последующая обработка представлена
с использованием алгоритма программы вектор NTI и выравниваем последовательностей с
использованием алгоритма BLAST NCBI. <...> Длина ДНК-мишени проектировалась в диапазоне 150-200
пар нуклеотидов. <...> Разработанная тест-система работает, как в простом диапазоне ПЦР с анализом электрофоретической
подвижности амплифицированного фрагмента провируса ВЛКРС, так и подобрана
система для проведения ПЦР в режиме реального времени. <...> Вызывает заболевание вирус BLV
(Bovine leukemia virus), который относят к роду
Deltaretrovirus. <...> При создании тест-систем для выявления инфицированных
животных необходимо учитывать
не только принцип воздействия вируса на клетку,
но также и воздействие клетки на вирус, как два
совместно действующих модуля. <...> Так, на сегодняшний день только на основе
анализа полиморфизма длин рестриктных фрагментов
(ПДРФ) структурного гена env ВЛКРС
отражено семь генетических вариантов, и такая
вариабельность представлена, более или менее
во всех структурных генах вируса, что собственно
нетрудно рассмотреть при первичном анализе
последовательностей ДНК в базе данных GenBank
NCBI. <...> При данном положении и тривиальном
подходе по подбору праймеров для разработки
тест систем кажется логичным множественный
подбор всех вариантов праймеров, учитывающих
изменчивость вириона, однако данный
тезис отрицается конкурирующим антагонизмом
взаимодействия вариабельных <...>
** - вычисляется автоматически, возможны погрешности
Похожие документы: