Обоснована сущность и дано определение эколого-экономической системы в сельском хозяйстве, классифицированы и систематизированы принципы конструирования и общие закономерности функционирования ЭЭС применительно к сельскохозяйственному производству. Сформулировано содержание понятия эффективности ЭЭС, определяемой тремя факторами: экономическим, экологическим, социальным. Разработаны критерии и показатели функционирования эколого-экономических систем региона, даны рекомендации по формированию механизма эффективного их развития.