Исследуются подходы к определению сущности национальной инновационной системы и инновационной системы АПК, раскрываются их задачи, функции и свойства, методологические положения, определяющие закономерности их формирования: особое внимание уделяется рассмотрению вопросов функционирования инновационной инфраструктуры и воздействия на инновационную систему институциональной среды, изучаются условия, ограничивающие возможности реализации стратегии инновационного прорыва. Инновационная система агропродовольственного комплекса определяется как совокупность субъектов инновационной деятельности, реализующих функции генерации, поиска, адаптации, распространения, внедрения, сопровождения и использования инноваций, и связей между ними. Делается вывод о том, что структура инновационной системы АПК должна формироваться исходя из инновационной политики его развития, а территориально-отраслевой характер АПК объективно требует согласования отраслевой и региональных стратегий развития. Изучается современное состояние инновационной системы АПК в разрезе ее ключевых элементов.