Раскрывается сущность инновационной деятельности и инновационного процесса; указывается, что сложность и многоуровневость агропродовольственного комплекса обуславливают множественность взаимосвязей между субъектами инновационной деятельности и их различную интенсивность; описываются факторы, определяющие особенности формирования и протекания инновационных процессов. Обосновывается вывод о том, что для перевода агропродовольственного комплекса на реализацию инновационной модели развития требуется формирование качественно иной методологии управления развитием АПК. Раскрывается сущность и специфика формирования кластеров как формы активизации инновационной деятельности. Дается оценка уровня развития и результативности аграрной науки с позиций инновационного развития АПК. Выявляются ограничения, влияющие на интенсивность инновационных процессов в агропродовольственном комплексе.