Представлена модель развития фитопланктона в водохранилище, включающая описания кинетики его взаимодействий в экосистеме и внутреннего водообмена водохранилища. Расчеты изменения биомассы синезеленых и диатомовых водорослей в Можайском водохранилище в вегетационный период показали удовлетворительную сходимость с данными натурных наблюдений.