На территории области в пределах 242 областных и 4 федеральных ООПТ охраняется более 80% сосудистых растений из 205, включенных в Красную книгу Московской области. В разных физико-географических провинциях число охраняемых видов различно: наиболее богаты редкими растениями небольшие по площади Москворецко-Окская и Среднерусская провинции. Большинство редких видов относится к лугово-степным, степным, лесным и водно-болотным. Перечислены наиболее ценные эпиассоциации, в пределах которых произрастает наибольшее число редких охраняемых видов растений.