В статье рассматриваются проблемы взаимоотношений России и Украины, сценарии их дальнейшего развития, описаны сложности, с которыми сталкиваются жители приграничных регионов. Подчеркнута роль геоинформационных систем в процессе исследования российско-украинских взаимоотношений. Описана созданная геоинформационная система для анализа связей исследуемых стран, указаны задачи и требования к ней, материалы и методы исследования. Рассмотрена схема разработки структуры и тематического содержания ГИС в контексте миграционных процессов населения.