В статье отмечается, что эффективность бюджетной системы проявляется в способности финансировать неотложные расходы в интересах повышения качества жизни населения не только за счет увеличения источников доходов, но и за счет более разумного, целесообразного их использования. Высока роль органов Федерального казначейства в системе исполнения бюджетов при обеспечении расходования бюджетных средств по целевому назначению. Анализа бюджетных потоков позволяет получить необходимую информацию органам власти для принятия решений при формировании и осуществлении финансовой политики, для повышения эффективности использования бюджетных средств и усиления контроля за их освоением. Целью исследования является совершенствование методологии оценки бюджетных потоков региона. Объектом исследования выступает региональный бюджет. Предмет исследования – процесс движения бюджетных потоков в органах Федерального казначейства (на примере Нижегородской области). Авторами разработана методика анализа бюджетных потоков региона на основе совокупности показателей динамики, качества, сбалансированности, ликвидности бюджетного потока и эффективности использования бюджетных средств. Выявлена целесообразность проведения анализа бюджетных потоков при помощи отчета о движении денежных средств, формирующегося не по источникам и направлениям использования средств, а по сферам деятельности – операционной (текущей), инвестиционной и финансовой. Отчет о движении денежных средств является основным источником информации для анализа бюджетных потоков. Выполнена оценка бюджетных потоков по Нижегородской области за 2011–2013 гг. Представленные показатели позволяют: с большей точностью определить отклонения в поступлении и выбытии бюджетных средств; рационально регулировать бюджетные потоки, поступающие в бюджетную систему. Результаты проведенного исследования представляют интерес для органов Федерального казначейства и других финансовых структур.