Исследовательская деятельность школьников – одно из приоритетных направлений в эколого-биологическом образовании. Его реализация на базе учреждений дополнительного образования недостаточно оценена и осмыслена, поэтому не отрегулированы условия для более продуктивной и комфортной работы педагогов. Существует множество формальных помех нормальной отчетности о работе, педагог оказывается в бюрократической ловушке, которую администрация может использовать (например, против неугодных), а может и не использовать. Требуется придать особый статус исследовательским группам школьников в учреждениях дополнительного образования, делающий возможными занятия малыми группами, смешанный контингент обучаемых и непрерывность программы. Перенос исследовательской деятельности в школы, наблюдаемый в последние годы, не вполне оправдан, так как служит причиной отвлечения учителей от основной работы. Кроме того, они недостаточно компетентны в этой области. Помощь представителей научного сообщества города – это мощный стимул для развития и совершенствования ученических исследований, она держится на связях и взаимопонимании сторон. В последние годы прослеживается тенденция к сокращению числа эколого-биологических центров в стране. Так, в 2007 г. самостоятельное учреждение биологической направленности «Петербургская усадьба» было присоединено к профессиональному лицею – по существу ликвидировано. Его закрытие нарушило сложившиеся традиции в конкретном месте и для определенной части населения, что для нашей страны симптоматично и требует осознания и корректировки. Одной из причин закрытия Усадьбы явилось общее непонимание значения и особенностей исследовательской деятельности для широкого круга школьников. С закрытием Усадьбы был утрачен природный потенциал «музея под открытым небом», созданный здесь за многие годы.