В статье обосновываются основные направления гигиенических мероприятий по противоэпидемической защите людей. Рассматриваются теоретические, методические, материальные и организационные аспекты разработки единой системы антимикробной и микробной защиты. Показывается, что научной основой ее эффективности является расшифровка особенностей чувствительности к различным антимикробным средствам разных видов микропатогенов в сравнении с сапрофитной и полезной микрофлорой. Предлагается использовать в дезинфектологии некий аналог «химиотерапевтического индекса» – относительный показатель эффективности и безопасности внесения соответствующего дезинфекционного средства в окружающую среду.