Статья посвящена анализу работы региональной модели оказания хирургической помощи новорожденным в Университетской клинике за 15-летний период (1999—2014). Освещены организационные, научные и практические меры по организации хирургии новорожденных в многопрофильной клинике, деятельность пренатального консилиума, система внешних консультаций, организация транспортировки новорожденных. Проведен анализ полученных результатов лечения атрезии пищевода, врожденной кишечной непроходимости, аноректальных мальформаций, диафрагмальных грыж и другой патологии у 826 новорожденных. Прослежена динамика летальности в течение 15 лет. Предложенная модель работы региональной клиники позволила снизить летальность до 6—10% при ежегодной госпитализации и хирургическом лечении 90—100 новорожденных пациентов. Обоснованы перспективы развития хирургии новорожденных в регионах Российской Федерации.