Вопросы донозологической диагностики и эффективности лечения заболеваний полости рта представляют актуальную проблему стоматологии. Длительное ортодонтическое лечение пациентов с зубочелюстными аномалиями (ЗЧА) несъемной техникой часто сопровождается негативными последствиями – развитием деминерализации эмали и кариеса, регистрируемых во время лечения и после снятия аппаратов. Проводили изучение уровня количественного содержания оральных стрептококков и оценивали стоматологический статус у детей с ЗЧА в процессе лечения несъемными аппаратами. Чаще всего кариес и воспаление пародонта полости рта отмечали среди детей с высоким содержанием стрептококков. В разные сроки исследования четко выражена тенденция возрастания концентрации Streptococcus mutans и S. sanguis зубной бляшки полости рта. Установленные индексные показатели стоматологического статуса у пациентов свидетельствуют об интенсивности кариозного поражения, уровне плохой гигиены полости рта, о развитии средней степени тяжести воспалительного процесса пародонта. Полученные результаты подтверждают участие стрептококков, ассоциантов микробиоты зубной бляшки полости рта детей в процессе развития кариеса. Выделены признаки микроэкологии зубной бляшки, по которым можно судить о формировании кариесогенной ситуации, что может служить основой для построения диагностического алгоритма при ведении пациентов с ЗЧА с целью последующего планирования и проведения эффективного ортодонтического лечения.