Наличие минимальной остаточной болезни (МОБ) является важным прогностическим фактором при остром лимфобластном лейкозе (ОЛЛ) у детей и взрослых. В подавляющем большинстве работ для определения МОБ используют костный мозг (КМ). Мы провели сравнительную характеристику выявления МОБ в периферической крови (ПК) и в КМ и оценили прогностическую роль наличия МОБ в ПК и КМ при терапии по протоколу MLL-Baby. В анализ включили 142 парных образца от 53 пациентов с ОЛЛ и различными перестройками гена MLL в возрасте младше 365 дней. МОБ определяли путем выявления химерных транскриптов методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени в 7 последовательных точках наблюдения (ТН), определенных протоколом терапии. Сопоставимость результатов качественного выявления МОБ в КМ и ПК составила 84,5%. При этом во всех 22 (15,5%) дискордантных образцах МОБ была выявлена в КМ, но не в ПК. Несмотря на высокий уровень сопоставимости результатов определения МОБ в ПК и КМ, наличие МОБ в ПК на различных этапах терапии не показало самостоятельной прогностической значимости. Выявленные различия не были связаны с чувствительностью метода, определяемой по величине абсолютной экспрессии гена ABL, а скорее всего отражали реальное распределение опухолевых клеток. В результате проведенного исследования показано, что использование ПК вместо КМ для мониторирования МОБ при ОЛЛ у детей 1-го года жизни нецелесообразно. В то же время сохранение МОБ в TH4 в КМ являлось независимым прогностически неблагоприятным фактором при терапии ОЛЛ у детей 1-го года жизни по протоколу MLL-Baby (OO = 7,326 (95% доверительный интервал 2,378–22565)).