Одним из главных вопросов в исследовании однополых (партеногенетических) видов позвоночных является определение их генетического разнообразия. Для этого могут быть использованы различные маркеры ядерного и митохондриального генома. К наиболее эффективным генетическим маркерам относятся микросателлитные ДНК, обладающие высокой скоростью изменчивости. Разработка и характеристика таких маркеров являются необходимым этапом в генетических исследованиях партеновидов. В настоящей работе с помощью локусспецифической ПЦР впервые проведен анализ аллельного полиморфизма трех микросателлитных локусов в популяциях партеновида Darevskia rostombekovi (n = 42) и двуполых родительских видов D. raddei (n = 6) и D. portschinskii (n = 6). Все исследованные особи партеновида D. rostombekovi оказались гетерозиготами. В изученных популяциях обнаружено от 2 до 5 аллелей в зависимости от локуса. Определена нуклеотидная последовательность выявленных аллельных вариантов этих локусов. Показано, что отличия аллелей связаны с вариациями в структуре микросателлитных кластеров и с однонуклеотидными заменами на фиксированных расстояниях в прилежащих к кластеру участках ДНК. Структурные вариации аллелей формируют гаплотипические маркеры, специфические для каждого аллеля и наследуемые ими от родительских двуполых видов. Установлено, какие аллели партеновида наследуются от материнского, а какие – от отцовского вида. Получены характеристики по распределению, частоте встречаемости и сочетанию аллелей микросателлитных локусов в популяциях D. rostombekovi, определяющие отличительные особенности каждой популяции. Данные могут быть использованы в дальнейшем для определения клонального разнообразия и возможного сценария его формирования в популяциях партеновида D. rostombekovi.