В статье представлены методологические подходы к диагностике, лечению и профилактике заболеваний, ассоциированных с воздействием факторов среды обитания, базирующиеся на принципах оценки степени опасности действующих факторов риска, подтвержденной экспозиции, идентификации биомаркеров эффекта с использованием клеточно-молекулярных, протеомных и нанотехнологий, результатов клинико-функциональных исследований, анализа системных связей маркеров экспозиции с маркерами негативного ответа. Санитарно-гигиенические, эпидемиологические, клинико-функциональные и лабораторные критерии, лежащие в основе предложенной классификации специализированных медико-профилактических технологий управления риском, позволяют провести дифференциальную диагностику заболеваний, ассоциированных с воздействием факторов среды обитания, по тяжести и стадии их клинической манифестации, выделить целевые группы населения для оказания специализированной лечебно-профилактической помощи, определить объем, направленность, содержание и форму реализации лечебно-профилактических мероприятий.