Гендерные различия функционирования организма подростков в экстремальных климатических условиях среды изучены недостаточно. Оценивали вариабельность морфофункциональных показателей подростков 11–16 лет низкогорья и среднегорья Горного Алтая в зависимости от района проживания, возраста и пола. Установили, что изменчивость морфофункциональных показателей мужского и женского организма в критическом периоде онтогенеза в различной степени зависит от климатических условий Горного Алтая. Выявлены достоверные различия морфофункциональных показателей в зависимости от района проживания и они более существенны среди мальчиков, чем среди девочек. У подростков мужского пола среднегорья в отличие от сверстников низкогорья отмечено функциональное напряжение сердечно-сосудистой системы, а также отставание в физическом и половом развитии. Это свидетельствует о гендерной вариабельности адаптации организма в зависимости от факторов среды и большей чувствительности мужского организма в период пубертата к внешним негативным воздействиям.