Предмет. Проводится сравнительный анализ зарубежных и российских методических подходов к оценке эффективности государственных инвестиций в реализацию научноинновационных программ и обосновываются предложения по их совершенствованию. Цели. Выявление резервов совершенствования российской практики оценки эффективности государственных инвестиций в реализацию научно-инновационных программ. Методология. Используются методы разработки логических моделей трансформации ресурсного обеспечения научно-инновационных программ в их конечные результаты и математический аппарат линейного программирования. Результаты. Предлагается авторская методика оценки сравнительной эффективности научноинновационных проектов и подпрограмм, основанная на синтезе логической модели программы высоких технологий США и метода многомерной свертки данных и обеспечивающая сбалансированность учета различных областей оценки результатов выполнения программы (непосредственных результатов, среднесрочных результатов и широких последствий). Выводы. Применяемые в настоящее время в России методические подходы к оценке эффективности государственных инвестиций в реализацию научно-инновационных программ в значительной мере игнорируют современные разработки зарубежных ученых и лучшую мировую практику. Используемые в нашей стране упрощенные подходы, не предусматривающие оценивания и мониторинга показателей широкого воздействия научноинновационных программ на масштабы и характер инновационной трансформации российской экономики, способствуют неэффективному расходованию бюджетных средств. Для повышения эффективности государственных инвестиций в реализацию российских научно-инновационных программ необходимо перемещение акцентов на предварительную оценку и последующий мониторинг результатов, достигаемых инновационно активными компаниями благодаря использованию научных разработок, созданных в процессе выполнения программы. Для выявления наиболее эффективных проектов и подпрограмм на стадиях разработки и реализации программы может быть использована модель линейного программирования, позволяющая определить степень удаленности проекта (подпрограммы) от эффективной границы трансформации ресурсного обеспечения в конечные результаты программы.