Предмет. Построение инновационной экономики во всех регионах отвечает национальным интересам России, обеспечивая ее конкурентоспособность в мировом масштабе и возможность влиять на процессы глобализации. Цели. Рассмотрение государственного понимания регулирования инновационной деятельности в регионах Юга России (Южный и Северо-Кавказский федеральные округа) в контексте принятых в них программ экономического развития. При этом особое внимание обращается на типы органов, выполняющих функцию регуляторов, а также решаемые ими задачи. Методология. Основным методом является контент-анализ государственных программ экономического развития семи регионов Юга России. Его результаты позволяют классифицировать регуляторы региональной инновационной деятельности, наметить основные подходы к корректировке государственного понимания обозначенной проблемы. Результаты. Все проанализированные программы затрагивают проблему регулирования инновационной деятельности, однако лишь в случае Астраханской и Ростовской областей в них идет речь о построении региональных инновационных систем со специфическими органами, координирующими их деятельность. В программах рассматриваются регуляторы трех типов: административные (сами органы исполнительной власти), специальные (самостоятельные учреждения) и сопряженные (решают специфические задачи, связанные не только с инновациями). Выводы. Государственное понимание проблемы регулирования инновационной деятельности в регионах Юга России в значительной степени сводится к деятельности административных органов и связанных с ними учреждений. Требуется выработка унифицированного для Юга России подхода к регулированию инновационной деятельности, создание в каждом регионе единого регулятора и снижение нагрузки на административные органы.