Проведен анализ экономических последствий для системы регионального предпринимательства в связи с вступлением России во Всемирную торговую организацию. Рассмотрены основные экономические подходы к государственной поддержке и регулированию субъектов малого и среднего предпринимательства. С позиции классической экономической теории исследована институциональная природа предпринимательства. Выделены основные условия и факторы развития конкурентоспособности отечественных предпринимательских систем. На основе многофакторной модели производства предложен новый подход к вопросу экономического развития предпринимательских систем за счет кластерной организации. Выделено и функционально изложено основное интегрирующее условие кластерной организации предпринимательских систем в регионах.