В условиях инновационного развития России требуется создать систему комплексного управления инновационной деятельностью организаций. Целью статьи является исследование сущности проблем и противоречий теоретико-методологических разработок, развивающих представление о сущности и предмете инновационной деятельности в теории экономического развития, инновационном менеджменте, теории предприятия. В ходе исследования выделены общетеоретические и внутритеоретические проблемы и противоречия. К общетеоретическим проблемам относятся: абсолютизация техникотехнологической сферы в качестве единственной сферы инновационной деятельности; отсутствие системы независимых факторов, выделенных по единому критерию (предмета инновационной деятельности); отсутствие единого понимания сущности инновации и ее связи с факторами производства. К внутритеоретическим противоречиям относятся: разделение в неоинституциональной теории нормативной компоненты и организации; некорректный выбор параметров, описание причинно-следственных связей модели технологического разрыва; рассмотрение инновационной деятельности как обособленного процесса; абсолютизация проектного подхода для управления инновационной деятельностью. Статья может быть полезна разработчикам комплексной системы управления инновационной деятельностью организаций.