В данной статье предлагается рассматривать системный подход в обучении с учетом актуальных трактовок методологии современной психолого-педагогической науки. Системный подход понимается авторами в единстве двойственных процессов: дифференциации уровней анализа и интеграции компонентов учебного процесса. При этом выявляются их сходства и различия, противоречия и связующие характеристики, приоритет одних элементов по отношению к другим, динамика развития каждого элемента и всей системы в целом. Для того чтобы обосновать построение такой системы, необходимо проанализировать современную методологию, существенной составной частью которой является теория смысла и смыслообразования. Методологический уровень построения системы обучения в современной науке рассматривается как исходные личностные основания, как система мировоззренческих принципов и взглядов, а также смысловых установок личности тех, кто непосредственно участвует в практической реализации системы в единстве ее теоретического, технологического и практического воплощения в практике учебного процесса. Этот уровень требует реальной включенности исследователя в процесс реализации системы повышения квалификации и актуализации его рефлексивных возможностей как основы анализа накопленного практического опыта. Выделенный в данной статье ракурс проблемы позволяет определить наиболее важный, ключевой компонент исследования – личностную позицию тех, кто воплощает предлагаемую систему в реальную практику. Механизмы смысла и смыслообразования как основы личностного становления, определяющие жизненные приоритеты и ценности в системе любых жизненных реалий, позволяют выйти на новый уровень осмысления проблемы формирования не просто ценностей, а убеждений личности. Предлагаемая интерпретация методологических основ построения системы обучения включает в себя три важнейших аспекта: личностная позиция преподавателя, непосредственно включенного в процесс повышения квалификации; субъект-субъектное взаимодействие обучающего и обучаемого; выведение учебного содержания на уровень личностного смысла обучаемого. Анализ этих компонентов представлен в данной статье.