В статье представлены результаты создания и внедрения ГИС для сбора, обработки, хранения и анализа данных биоразнообразия на ООПТ побережья оз. Байкал. В качестве модельных ООПТ использованы государственные природные биосферные заповедники «Баргузинский» и «Байкальский», а также Забайкальский государственный национальный природный парк. Выполнен анализ современного состояния системы наблюдений объектов биоразнообразия на ООПТ и дана оценка информационного обеспечения деятельности администраций. Определена специфика мониторинга биоразнообразия с использованием ГИС-технологии и сформулированы его методические основы, обеспечивающие формализацию долгосрочных рядов наблюдений, высокую пространственную точность и унификацию показателей биоразнообразия на видовом и экосистемном уровнях. Разработана структура банка данных биоразнообразия ООПТ исследуемой территории, включающая универсальные базы данных с выделением информационных массивов наиболее значимых или характерных, для конкретной ООПТ, объектов биоразнообразия. Создана ГИС, регистрирующая процессы биоразнообразия на региональном, локальном и объектном пространственных уровнях, предложены индикаторы для пространственной оценки динамики объектов биоразнообразия. В результате внедрения ГИС выявлены основные проблемы технологического, методического и кадрового характера, сдерживающие организацию геоинформационного мониторинга биоразнообразия и сформулированы рекомендации для администраций ООПТ по их минимизации.