Бассейн р. Алей – одна из самых освоенных территорий Западной Сибири. Первоначально освоение было связано с развитием горнорудного дела на Алтае, в настоящее время – преимущественно с сельскохозяйственной направленностью развития экономики. Интенсивное вовлечение земель бассейна в хозяйственный оборот на протяжении последних 100 лет способствовало формированию ряда экологических проблем: водной и ветровой эрозии, потери плодородия почв и их засоления, опустынивания территории. Снижаются среднегодовые значения водности р. Алей по причинам, имеющим как природный, так и антропогенный характер. Особенностью водопользования в бассейне является значительный объем используемых водных ресурсов на цели орошения и сельскохозяйственного водоснабжения. Для гарантированного обеспечения хозяйственно-питьевых нужд здесь построены и функционируют два водохранилища и сеть прудов. Лесные экосистемы бассейна рассматриваются в статье с позиций сохранения и восстановления стока малых рек. Показана способность леса накапливать твердые осадки и более продолжительное время задерживать их во время снеготаяния, что снижает поверхностный сток талых вод, способствует увеличению внутрипочвенного стока, оказывает существенное влияние на среднемноголетние значения водности постоянных водотоков. Анализируется состояние защитных лесных насаждений в бассейне р. Алей. Проводится сравнительный анализ притоков основной реки по площади, длине водотоков, лесистости бассейнов. Предлагается стабилизировать среднемноголетнюю величину речного стока (т. е. водоносность реки (Снакин, Акимов, 2004)) путем принятия радикальных мер по повышению лесистости равнинной и горной частей бассейна. Разработаны мероприятия по увеличению площади водоохранных зон малых рек, облесению временных и постоянных водотоков, защите плодородия почв сельскохозяйственных угодий.