В статье анализируются особенности регулирования некоторых территорий субъектов РФ, отличающие их от обычных административно-территориальных единиц. К таким территориям автор относит, во-первых, административно-территориальные единицы с особым статусом (территории бывших субъектов РФ, утративших статус таковых при объединении с другим субъектом РФ; столицы республик (административные центры иных субъектов РФ и др.); во-вторых, территории с особым статусом, которые не являются административнотерриториальными единицами (особо охраняемые территории; зоны чрезвычайных ситуаций; туристические территории и др.). Анализ уставов пяти новых (объединенных) субъектов федерации (краев и областей), свидетельствует о наделении вошедших в их состав шести автономных округов, сохранивших свое территориальное единство, но утративших статус субъекта федерации, статусом административно-территориальных единиц с особым статусом. Автор анализирует сходства и отличия в уставно-правовом регулировании отношений между субъектом федерации и административно-территориальной единицей с особым статусом. Отмечается недостаточность правового регулирования на федеральном и региональном уровнях, особенно в сфере защиты прав коренных малочисленных народов. Ставится под сомнение законность преобразования административно-территориальной единицей с особым статусом в единое муниципальное образование. В статье рассматриваются также столицы (административные центры) субъектов РФ как их особые территориальные единицы, имеющие важное функциональное предназначение. Рассматривается вопрос о специфике территориального устройства столиц, наименования и др. Автор обращает внимание на определение законодательством субъектов РФ статуса особо охраняемых природных территорий регионального значения, выделяет особенности регулирования в различных субъектах. К территориям с особым статусом субъекты РФ могут относить национальные административно-территориальные образования, региональные зоны (районов) чрезвычайных санитарно-эпидемиологической, ветеринарной, фитосанитарной и экологической ситуаций, территории, имеющие историко-культурное, религиозное значение, зоны экономического развития.