Деятельность грязевых вулканов обусловливает существование специфических местообитаний и экосистем, поэтому грязевые вулканы интересны и с точки зрения геологии и экологических дисциплин. В контексте управления особо охраняемыми природными территориями рассматриваются редкие геологические объекты — грязевые вулканы, обсуждаются оптимальные подходы к их использованию. Все грязевые вулканы острова — особо охраняемые природные территории регионального значения. Грязевые вулканы Сахалина помимо природоохранной функции обладают высоким туристическим и рекреационным потенциалом. На вулканах Магунтан, Малый Северный и Малый Южный (Пугачевские вулканы) сформировались уникальные растительные сообщества с доминированием узколокальных эндемичных видов: Artemisia limosa, Deschampsia tzvelevii, Gentianella sugawarae, Primula sachalinensis. Ареал этих таксонов ограничен территорией грязевых полей вулканов, поэтому группу Пугачевских вулканов нужно рассматривать как ценный природный резерват. Южно-Сахалинский вулкан благодаря близости к г. Южно-Сахалинск, а также постоянной активности и отсутствию редких и охраняемых видов может стать хорошим экскурсионным и туристическим объектом. Использование Дагинского грязевого вулкана перспективно с точки зрения развития лечебно-оздоровительного направления, поскольку этот грязевой вулкан сопряжен с выходами термоминеральных вод.