На основании комплексного анализа новейших озерных отложений Иссык-Кульской межгорной впадины выполнена палеогеографическая реконструкция основных природных событий на рубеже плиоцена и плейстоцена. В плиоцене палео-Иссык-Куль занимал значительно большую площадь, чем современное озеро. Озера существовали и в других межгорных котловинах Тянь-Шаня, но на рубеже плиоцена и плейстоцена большинство озер было спущено. Иссык-Куль не только сохранился, но трансформировался в глубоководный водоем. Установлены неоднократные значительные перестройки озера. Общая тенденция развития Иссык-Куля — направленное сокращение площади водоема и снижение его уровня — прослежена по материалам изучения глубоких скважин и разрезов. На рубеже плиоцена и плейстоцена не только изменился объем озера, но и значительно увеличилась высота окружающих его горных хребтов, произошла перестройка гидрографической сети в горах и появилось горное оледенение. Изменения природной обстановки, особенно рельефа, были настолько значительны, что привели к возникновению новых плейстоценовых ландшафтов