Данная статья посвящена определению и оценке инновационного потенциала организации системы здравоохранения. Для оценки инновационного потенциала бюджетной организации следует проводить комплексную оценку следующих элементов: эффективность использования бюджетных и внебюджетных средств, научно-технический потенциал, показатели коммерциализации инноваций, продолжительность выполняемых работ, характеристика инновационности управляющей системы, человеческий капитал. Выделение средств государственного финансирования в организации здравоохранения со средним и высоким инновационным потенциалом будет более эффективно для достижения высокого урионнвоняваций в сфере здороахвранения в целом. Проведенный анализ внешних и внутренних факторов показал, что современные условия способствует повышению эффективности инновационного потенциала организации, однако в условиях реструктуризации здраовохранения особенно важно наиболее эффективно использовать имеющие ресурсы, повышать конкурентные преимущества, привлечь лучшие кадры. Положительно влияет нахождение учреждения в мегаполисе. Исследуемое учреждение организационно и материально-технически сформировало хороший базовый уровень для дальнейшего совершенствования методов и технологий оказания высококвалифицированной медицинской помощи. Совокупная оценка инновационного потенциала положительная.