Наличие реликтовых видов в составе флоры Байкальской Сибири обуславливает необходимость разработки эффективных методов мониторинга состояния природных объектов этого региона. Данная работа направленна на поиск молекулярных маркеров, эффективно отражающих степень генетического полиморфизма популяций модельных видов растений для их возможного применения в оценке состояния реликтового комплекса Байкальской Сибири. В работе представлены данные о возможном использовании некоторых генетических маркеров (ITS1, ITS2, rps12-rpl20, psbA-trnH) для оценки состояния двух реликтовых видов растений Anemone baicalensis Turcz. и Eranthis sibirica DC.